Добрый день.
Всё делается через настройки безопасности в профиле. Если кратко:
1. Сначала сам администратор должен включить двухфакторную аутентификацию себе.
2. Заходишь в свой профиль → Безопасность → Включить двухфакторную аутентификацию.
3. После этого можно сделать её обязательной для всех сотрудников.
4. Есть возможность указать срок, в течение которого все должны подключиться, иначе не смогут войти.
5. Также можно отправлять уведомления с кодами через чат Битрикс24 — удобно.
Если сотрудник поменял телефон — есть кнопка "У меня поменялся телефон", всё перенастраивается.